Chiamata anticamente porta Santa Lucia, l’attuale struttura fu realizzata nel 1768, sotto il pontificato di Clemente XIII, per volere del Comune. Sebbene non fu lui a volerne il restauro, lo stemma del papa venne posto sulla sommità della porta insieme a quello del vescovo Giacomo Oddi, del governatore benedetto Lo Presti e, più in basso, del Comune.
Al contrario di quanto riportato dal Pinzi, secondo il quale la porta venne scolpita dal maestro Bernardino di Bagnaia, lo Scriattoli, sulla base di un documento dell’avvocato Oddi, afferma che, chiusa la Porta di San Sisto posta nei pressi del campanile, la realizzazione della nuova porta fu affidata nel 1649 allo scalpellino Paolo Pieruzzi su disegno di Francesco Maiolino.
La sua apertura, avvenuta per volere del senatore romano Bonaventura, fu ricordata con un’epigrafe, posta sopra la porta insieme agli stemmi della famiglia romana dei Papereschi, a cui apparteneva papa Innocenzo II. Secondo lo Scriattoli, si dovrebbe trattare del senatore e cardinale Bonaventura Papareschi, divenuto podestà nel 1255. Al contrario, il Della Tuccia mette in relazione il nome della porta con Bovone, anche lui senatore di Roma, divenuto podestà di Viterbo nel 1215.
