La chiesa è nota ai viterbesi come Santuario della Madonna Liberatrice, perché legata alla venerazione per la miracolosa immagine della Vergine, attribuita a Gregorio e Donato d’Arezzo. Il miracoloso evento avvenne il 28 maggio 1320.
Soltanto nel 1618 il “Suffragio”, come è chiamato dai Viterbesi, ebbe tal nome. La primitiva costruzione sorta nel piano di San Matteo in Sonsa, era dedicata a S. Quirico, martire di Antiochia, ed aveva aperto la sue porte ai fedeli fin dal sec. XII. Pìù volte è documentata nel Duecento insieme ad altre parrocchie della zona: S. Stefano, S. Matteo e S. Giovanni. Della sua antica architettura sappiamo soltanto che aveva uno spazioso portico dinanzi la facciata, sotto il quale erano usi i notai rogare i loro atti.
La costruzione iniziò nel 1237 su un’area dipendente dalla parrocchia di S. Angelo in Spatha, donata ai Francescani da Gregorio IX con bolla del 9 dicembre 1236, ove, agli inizi del millennio, era stato eretto il Castello di Sonza, piccolo fortilizio longobardo.
Costituisce un pregevole esempio di barocco viterbese. Venne eretta a cura della Confraternita del Gonfalone, dalla quale ha preso il nome corrente, anche se la dedica storicamente è al precursore di Cristo.
L’attuale edificio è il frutto di un radicale rifacimento del XVIII secolo di una più antica chiesa di cui si hanno notizie a partire dal 1236, annessa alla Prioria di Santa Luca.
